福建医科大学国际合作与交流处、港澳台事务办公室是学校执行党和国家外事政策、港澳台政策，协调学校与国际及港、澳、台地区合作交流事务的职能部门和办事机构；也是学校开展对国际及港、澳、台地区科学技术合作与文化交流的一个重要窗口。其主要职责是：负责草拟并实施学校外事、港澳台工作计划；统筹协调全校涉外及港澳台工作，为学校各部门开展国（境）外合作提供服务与管理；负责学校国（境）外接待活动的策划、实施；负责因公出国（境）、教职工公派出国留学和学生赴国（境）外交流学习等事务的服务与管理。