体育教研部前身为基础医学部体育教研室，创建于1953年，是我校实施体育教育的专业部门。2003年4月，体育教研室从基础医学院分离出来，成立体育教研部，下设现代体育教研室和民族与传统体育教研室。承担学校公共体育教学、科研、群众体育、竞赛以及“国家学生体质健康标准”测试与评价等各项工作。

体育教研部现有教职员工27人，其中专任教师23人（核定教师编制28人，含“双肩挑”2人），行政管理干部3人（编外1人），教辅1人（编外）。专任教师中教授1人，副教授10人，讲师6人，助教5人，见习助教1人，具有硕士学位21人，博士在读2人，国际级裁判1人，国家一级裁判7人。近年来体育教研部承担多项省部级、厅级立项课题研究，先后在国家正式刊物上发表学术论文70余篇,其中核心期刊10余篇。

体育教研部先后被评为“福建省高校贯彻《学校体育工作条例》先进单位”、“福建省高校开展群众性体育活动先进单位”、“福建省高校推行《国家体育锻炼标准施行办法》先进单位”、“华东区高等医学院校开展学校体育工作先进单位”等。我校2009-2019年担任福建省大学生体育协会主席单位，秘书处设在体育教研部，2011年民族与传统体育教研室荣获“福州市五一先锋岗”；2012年，体育教研部荣获省总工会颁发的“福建省工人先锋号”称号；2020年，民族与传统体育教研室荣获校“文明教研室”称号。