日本长崎大学
    福建医科大学和日本长崎大学签订了两校学术交流与合作协议，主要开展教师、研究人员以及管理人员的互访，研究生及本科生的交换以及科技研究项目的合作等方面的交流与合作，有效促进了两校间的友好关系。

日本大阪大学医学部
    福建医科大学和日本大阪大学医学部就两校间开展医学教育和学术研究领域的合作达成协议，主要开展教师、研究人员、学生以及信息、资料的互访和互换，以促进两校间的友谊。

日本奈良县立医科大学
    福建医科大学和日本奈良县立医科大学签订了两校学术交流与合作协议，主要开展教师、研究人员以及管理人员的互访，研究生及本科生的交换以及科技研究项目的合作等方面的交流与合作，有效促进了两校间的友好关系。

日本财团法人运动会馆
    福建医科大学和日本财团法人运动会馆主要就创办福建医科大学日本分校进行合作，福建医科大学日本分校主要从事中国传统医疗保健技术、运动技巧、运动医学、日本语等方面的短期培训。通过合作提高了我校在日本的知名度。

     

日本独立行政法人国立医院机构近畿地区事务所及其京都医疗中心

福建医科大学与日本独立行政法人国立医院机构近畿地区事务所及其京都医疗中心签订开展国际医疗交流协议，旨在通过日本的临床医师进修开展国际医疗交流，促进双方友好合作关系的发展。

芬兰诺维亚应用科学大学
    福建医科大学和芬兰诺维亚应用科学大学主要在共同开展学术研究活动、互换教师、学生等方面达成协议，通过合作增进了两校间的友谊。

瑞典韦克舍大学
    福建医科大学和韦可舍大学主要就开展研究人员、 教师及学生的互换活动达成协议，通过开展交流活动有效促进中国和瑞典之间教师、学生的学术发展和支持国际文化活动，增进国际间的友谊和世界和平。

丹麦CVU中心H:S护理学院
    福建医科大学和丹麦CVU中心H:S护理学院主要就研究人员、教师的互换及共同举办学术活动等达成协议，两校通过在教育、科研等领域的共同发展，寻求建立两校间合作的关系，促进两校间科学和文化交流。

荷兰阿姆斯特丹自由大学及荷兰阿姆斯特丹自由大学医学中心

福建医科大学和荷兰阿姆斯特丹自由大学及荷兰阿姆斯特丹自由大学医学中心签订了两校学术交流与合作协议，主要在教学、科研及联合培养博士研究生等方面广泛进行交流与合作，以促进两校间的友谊。

     

奥地利维也纳医科大学

福建医科大学与奥地利维也纳医科大学签订了学术交流合作及教师、学生互换协，寻求在医学教育，科研等领域开展长期、规范及更具战略性的合作交流，促进两校友好合作关系发展以及科学与文化交流。

     

台湾嘉南药理科技大学

福建医科大学与台湾嘉南药理科技大学签订了学术交流合作备忘录，在医学教育、科研合作及师生互换方面进行交流与合作。

     

澳大利亚维多利亚大学
      福建医科大学和维多利亚大学中国教育国际交流协会主要在护理专业学生“N+1”交流项目方面达成合作协议，通过合作，福建医科大学将定期选送符合条件的护理专业学生，由中国教育国际交流协会中介到维多利亚大学学习。