公共卫生学院设“党政办公室”，包括“职业与环境卫生学系”、“流行病与卫生统计学系”、“营养与保健医学系”、“卫生管理与社会医学系”和“社区卫生与全科医学系”5个学系，并设有“预防医学实验中心”、“公共卫生与全科医学培训中心”。
      “预防医学实验中心”包括：“预防医学基础实验室”、“中药毒理学实验室”、“化学物毒性鉴定实验室”、“环境激素毒性评估实验室”、“医学软件应用实验室”、“管理学案例情景模拟教学实验室”等。
      公共卫生学院还建立有“福建省教委预防医学教学重点实验室”、“分子预防医学实验室”、“动物实验室（清洁级）”。
      2007年10月成立了“福建医科大学环境与健康研究所”，下设4个研究室：“毒理学与化学物安全性评价研究室”、“肿瘤流行病学研究室”、“食品功能评价研究室”和“亚健康研究室”。
      公共卫生学院还挂靠有“福建省营养学会”。